2002年，香港區議會為配合本港足球的長遠發展，培育年輕新一代，在全港十八區籌組地區足球隊參與由香港足球總會主辦的「香港丙組（地區）足球聯賽」，「南區康樂體育促進會」積極支持，而「南區足球隊」亦於同年正式成立。

南區足球隊由2002年開始，經歷了八個球季後，於2010年首次升上「香港乙組足球聯賽」。兩年後，南區足球隊以2011至2012年度香港乙組足球聯賽亞軍身分，歷史性升上「香港甲組足球聯賽」，為符合賽會要求，南區足球隊亦於2012年正式改名為「南區足球會」。

在2012至2013年球季，南區足球會於第一個甲組聯賽的表現備受肯定及讚賞，開始吸引了外界的關注。在接著的2013至2014年球季，南區足球會首次獲得冠名贊助，贊助商為「皇室水療」，球會亦以「皇室南區」之名義繼續在甲組聯賽競逐，球季結束後， 香港足球總會正式落實在2014至2015年球季成立「香港超級足球聯賽」，但由於南區足球會需要為此作出更好的部署及準備，便退出該組別賽事，改為在次一級的甲組作賽。

經過一年在甲組聯賽的努力，南區足球會獲得升上香港超級足球聯賽的參加資格。 2015年，「冠忠巴士集團有限公司」（「冠忠巴士」）冠名贊助南區足球會，成立「冠忠南區足球會」（「冠忠南區」）競逐香港超級足球聯賽，直到今天。